1、可以添加地形，也可以不添加，根据自己实际项目需求；
2、三维管线一般都是在球面场景使用，平面场景没有地下的概念；
3、底部高程设置为负值是可以的，并且是合理的；
4、如果后续需要通过iserver发布三维服务，是需要制作自定义专题图后，保存场景，生成场景缓存；
根据你的问题，你需要注意的几个点：
1、管线数据添加到三维场景后，首先需要在“场景”选项卡下面将地下模式开启，并且设置地表透明度。
2、在风格设置里面设置高度模式为相对地面，数据来源选择“地下”，然后再设置合适的负值的地步高程，这样就可以看见地下的管线数据了；
接下来你就可以通过自适应或者制作自定义专题图来配置自己的三维管线场景了。
你可以参考一下这个博客：https://blog.csdn.net/supermapsupport/article/details/80390189
