基于您以上的描述,我建议您是先了解一下超图组件开发里的一些结构概念关系,比如空间信息、属性信息、节点信息是什么,数据集和图层对应关系这些。
可以考虑快速的看一下超图917书院iiObject、Desktop(iDesktop是iobject开发的并且包括绝大部分功能,iDesktop能用明白组件才能开发明白嘛)的免费入门教程。https://edu.supermap.com/#/lessonlist
模型这块,我建议您系统的学习一下三维建模和原理基础下相关的东西(不拘泥于GIS三维)。
之后再来深入理解这种计算机、数据库、三维、gis交叉很深的部分,不然会想您上面说的和理解的一样很混乱,不同的概念和应用情况穿插起来理解错误。